故事发生在遥远的未来时代，沙丹四世（何塞·费勒 José Ferrer 饰）是宇宙之王，他靠着自己的强权和武力控制着整个帝国。尽管手握大权，但沙丹四世还是没有安全感，他认为自己的表弟亚崔迪公爵（尤尔根·普洛斯诺 Jürgen Prochnow 饰）企图谋权篡位，因此将他发配到了遥远的凯勒丹行星上。
　　沙丹四世对于亚崔迪公爵的迫害并没有停止，最后，公爵战败自杀，留下妻子和儿子保罗（凯尔·麦克拉克伦 Kyle MacLachlan 饰）流离失所，两人逃到了广袤的沙漠之中，向当地的土著求助。土著们将保罗当做了他们的救世主顶礼膜拜，保罗最终成为了土著领袖，并和名为佳妮（肖恩·杨 Sean Young 饰）的当地女子结为夫妻，然而，复仇的火焰从未在他的心中熄灭过。

在遥远的未来，已知的宇宙由帕迪沙皇帝 沙达姆四世统治。帝国最有价值的物质是香料混合物，它可以延长生命并扩展意识。香料还可以让空间公会折叠空间，从而实现安全、瞬时的星际旅行。公会要求沙达姆澄清一个可能永远危害香料生产的阴谋。沙达姆透露，他已将香料唯一来源阿拉吉斯星球的权力和控制权转移给了阿崔迪家族。然而，一旦阿崔迪家族到来，他们就会遭到宿敌哈克南人的攻击。，与沙达姆自己的萨杜卡部队并肩作战。沙达姆害怕厄崔迪家族，因为有报道称他们正在集结一支秘密军队。

杰西卡女士是莱托·阿崔迪公爵的妃子，是贝尼·杰瑟里特的侍僧，贝尼·杰瑟里特是一个独特的姐妹会，拥有先进的身体和精神能力。作为长达几个世纪的繁育计划的一部分，该计划旨在培育出Kwisatz Haderach（一种精神上的“超级生物”，Bene Gesserit 会利用它来为自己谋取利益），杰西卡被命令生下一个女儿，但杰西卡不服从，生下了一个儿子，保罗·阿特雷迪斯 ( Paul Atreides )。莫希姆嬷嬷对保罗进行了测试，以评估他的冲动控制能力，令她惊讶的是，保罗通过了测试。

厄崔迪一家离开他们的家乡卡拉丹前往厄拉基斯，这是一个居住着巨大沙虫的贫瘠沙漠星球。阿拉基斯的原住民弗里曼人预言弥赛亚将带领他们走向自由和天堂。雷托的忠实拥护者之一邓肯·艾达荷告诉他，他怀疑阿拉科斯拥有大量弗雷曼人，他们可能会成为强大的盟友。在莱托与弗雷曼人结盟之前，哈科宁人发起了进攻。莱托的私人医生，同时也是哈科南秘密双重间谍的威灵顿·岳博士，禁用护盾，使阿崔迪号毫无防御能力。艾达荷被杀，莱托被俘，几乎所有的阿崔迪家族都被哈克南人消灭了。哈科宁男爵命令门塔特 ·皮特·德·弗里斯用有毒的刀片杀死岳。莱托试图用岳植入的毒气牙刺杀男爵，但以饶了杰西卡和保罗的性命为条件，但失败了，但杀死了彼得。

保罗和杰西卡在袭击中幸存下来并逃入沙漠深处，在那里他们得到了弗雷曼人的庇护。保罗采用了弗雷曼人的名字穆阿迪布 (Muad'Dib)，并成为弗雷曼人一直在等待的弥赛亚。他教他们使用怪异模块——由阿崔迪家族开发的声波武器——并以香料开采为目标。在接下来的两年里，由于保罗的袭击，香料生产几乎停止。太空公会向皇帝通报了厄拉科斯局势的恶化。

保罗爱上了年轻的弗雷曼战士查尼。杰西卡通过摄入生命之水成为弗雷曼圣母，这是一种致命的毒药，她通过贝尼·杰瑟里特的能力使其变得无害。作为这个仪式的后遗症，杰西卡未出生的孩子阿莉亚后来从子宫中出来，拥有成年贝尼·杰瑟里特圣母的全部力量。在一个预言梦中，保罗得知皇帝和公会密谋杀害他。当保罗的梦突然停止时，他喝下了生命之水，并在沙漠中进行了一次深刻的迷幻之旅。他获得了强大的精神力量和控制沙虫的能力，他意识到沙虫是香料的来源。

皇帝在阿拉科斯上空集结了一支庞大的入侵舰队，以消灭弗雷曼人并重新控制这颗行星。他将拉班斩首，并传唤男爵解释香料开采停止的原因。保罗在首都阿拉肯对哈克宁家族和皇帝的萨杜卡发动了最后的攻击。保罗的弗里曼战士骑在沙虫上，挥舞着声波武器，轻松击败了皇帝的军团。阿莉亚刺杀了男爵，而保罗则与皇帝对峙，并与费德-劳萨进行生死决斗。杀死费德后，保罗展示了他新发现的力量，并通过在阿拉科斯降下雨水来实现弗雷曼人的预言。阿丽亚宣布他是 Kwisatz Haderach。