影片改编自同名漫画，原著漫画讲述一个神秘的跟踪者名叫“缄默”，他似乎打算从远处暗杀蝙蝠侠。故事中有许多客串角色，其中包含了大量的蝙蝠侠反派，还有多位蝙蝠家族的成员以及和蝙蝠侠的老战友，超人。它还探索了蝙蝠侠和猫女之间的暧昧情愫。

蝙蝠侠从贝恩手中救出一名被绑架的儿童并索要赎金后，湿婆女士告诉他有一位身份不明的拉撒路深坑入侵者，并请求他帮助识别他们的身份。当猫女偷走赎金时，蝙蝠侠同意这样做。在追击她时，一名蒙面义务警员射穿了蝙蝠侠的抓绳，导致他摔倒在人行道上，头骨破裂。猫女将他从一群试图揭开他面具的罪犯手中救了出来，但蝙蝠女将她赶走了。蝙蝠女将蝙蝠侠带回蝙蝠洞，阿尔弗雷德和迪克·格雷森在那里为布鲁斯·韦恩受伤制造了不在场证据。阿尔弗雷德联系了布鲁斯儿时的朋友著名脑外科医生托马斯·埃利奥特（Thomas Elliot）来治疗他。当布鲁斯宣布自己准备好再次成为蝙蝠侠比托马斯建议的早两周时，阿尔弗雷德给了他一套新的防弹蝙蝠服，上面有一个带衬垫的兜帽，可以更好地保护头骨。与此同时，猫女将赎金交给毒藤女，毒藤女一直用催眠之吻控制着她。随后，射杀蝙蝠侠的蒙面义务警员前来就赎金问题与波伊森对质，并给了她氪石。

蝙蝠侠帮助阿曼达·沃勒从警方拘留所中救回贝恩，以换取信息。沃勒使用他提供的特殊镇静剂阻止贝恩逃脱警方的拘留，并亲手将他抓获。蝙蝠侠后来不情愿地与猫女合作，按照她向大都会提供的线索寻找毒药。在那里，蝙蝠侠与正义联盟试用成员莱克斯·卢瑟 (Lex Luthor) ( [N 1])就 Poison 使用的乙烯化合物的交付清单进行了对峙。波伊森使用氪石口红控制超人，并命令他杀死猫女和蝙蝠侠。猫女推露易丝莱恩从建筑物上下来阻止超人并将他从精神控制中解放出来。波伊森被击败后，她透露自己是按照一个名叫“嘘”的超级恶棍的命令行事的。

后来，安静绑架了小丑，说服哈莉·奎恩攻击布鲁斯·韦恩、塞琳娜·凯尔和托马斯·艾略特正在观看的歌剧。在骚乱期间，安静将托马斯引诱到外面并杀死了他，并诬陷小丑谋杀了他，这让蝙蝠侠非常愤怒。小丑试图声称自己无罪，但蝙蝠侠残酷地殴打他并差点杀死他。在小丑被捕和托马斯的葬礼之后，布鲁斯推断安静知道他是蝙蝠侠。在巡逻时，安静引起了蝙蝠侠的注意并与他对峙，尽管安静用镜子欺骗了他。然后他威胁要伤害所有靠近他的人，促使蝙蝠侠向猫女透露他的身份。布鲁斯带塞琳娜去蝙蝠洞，在那里她遇到了迪克和阿尔弗雷德，并得知了布鲁斯儿子的消息达米安. 两人成为一对打击犯罪的情侣，但后来嘘将迪克和塞琳娜引诱到托马斯的坟墓，在那里他们遭到了稻草人的袭击。迪克因稻草人的恐惧毒素而丧失行为能力，而嘘则绑架了赛琳娜。

不久之后，戈登局长通知布鲁斯托马斯的办公室遭到闯入。在调查过程中，蝙蝠侠得知托马斯的一名病人使用填字游戏发明者阿瑟·韦恩的化名，这让他怀疑爱德华·尼格玛（又名“谜语人”）是这起入室盗窃案的幕后黑手。在阿卡姆疯人院，蝙蝠侠审问谜语人，谜语人透露，他在使用拉撒路坑治疗无法治愈的脑肿瘤时推断出了自己的秘密身份，并由于在其他恶棍中缺乏尊重而冒充了“嘘”的身份。然而，蝙蝠侠推断这个“谜语人”实际上是泥脸乔装打扮，打败他后，得知真正的谜语人把塞琳娜带到了哪里：一家工厂，其名字是亚瑟·韦恩 (Arthur Wynne) 的字谜。

在工厂，蝙蝠侠救出了塞琳娜并击败了谜语人，随着拉撒路坑的影响逐渐消失，谜语人变得越来越虚弱。建筑物即将爆炸，蝙蝠侠冒着生命危险试图将谜语人从熔化的金属桶中救出来。意识到这一点，塞琳娜割断了谜语人的抓绳，让他摔死，让蝙蝠侠逃脱。到达安全地带后，蝙蝠侠和塞琳娜就后者的行为发生争执，并因塞琳娜无法应对布鲁斯的道德准则而决定取消他们的关系。