一位新近成為孤兒的九歲男孩跟著奶奶來到英格蘭，當祖孫倆在一間旅館過夜時，卻不幸碰撞見一場由高階女巫（安潔莉卡休斯頓，「現代教父」）領導的巫婆集會，聽到她們陰謀計畫將全英國的小孩變成老鼠！男孩雖然被女巫變成一隻老鼠，卻還是努力設法要阻止這些巫婆的邪惡計謀得逞；這部既有趣又嚇人的現代童話是改編自羅德戴爾（Roald Dahl）的知名作品，亦是大青蛙創始人吉姆韓森（Jim Henson）最後一部擔任製作的電影。

七岁的美国男孩卢克·伊夫希姆 (Luke Eveshim) 与祖母赫尔加 (Helga) 在挪威度假时，收到关于女巫和女恶魔的警告，她们非常憎恨儿童，并使用各种方法来摧毁或改造他们。赫尔加告诉卢克，真正的女巫与普通女性不同，他们有爪子而不是指甲，她们通过戴手套来隐藏，光头通过戴假发来遮盖，这会导致皮疹，平方英尺没有脚趾，她们通过穿着实用的鞋子来隐藏，紫色他们的瞳孔颜色深邃，嗅觉强烈，可以用来嗅出孩子的踪迹。对于女巫来说，干净的孩子身上有狗屎的臭味；孩子们越脏，她就越不可能闻到他们的味道。赫尔加说她儿时的朋友艾丽卡成为女巫的受害者并受到诅咒她的余生被困在一幅画中，逐渐衰老，直到几年前最终消失。

卢克的父母在车祸中丧生后，赫尔加成为卢克的法定监护人，他们搬到了英国。当卢克在外面的树屋里玩耍时，一名女巫接近了他，试图用一条蛇和一块巧克力引诱他，所以他留在树屋里寻求保护，女巫却离开了。在卢克九岁生日那天，赫尔加患上了糖尿病。她的医生建议他们在海边度过夏天。在伯恩茅斯的海滨酒店，[5]卢克遇到了一个贪吃但友善的男孩布鲁诺·詹金斯，并与他成为了朋友。卢克的宠物老鼠吓坏了女仆女友，无意中激怒了酒店经理斯金格先生。酒店还举办女巫大会，伪装成英国皇家防止虐待儿童协会。女巫大王，世界女巫的全能领袖，以伊娃·恩斯特的名义参加。

卢克躲在舞厅里监视女巫的会议。伊娃揭晓她的最新发明：一种能将全世界儿童变成老鼠的神奇药水，将用于糖果店的糖果产品以及用伊娃提供的钱购买糖果店。布鲁诺之前得到了魔药，他被带进房间，变成了一只老鼠，然后逃跑了。卢克被发现后跑到赫尔加的房间，发现她因糖尿病引起的头晕正在休息。女巫们在房间里抓住了卢克，并把他带回舞厅，在那里他被迫喝下魔药，并在逃跑前变成了一只老鼠。他找到了布鲁诺并与现已康复的赫尔加重聚。卢克现在是一只老鼠，他制定了一个击败女巫的计划，他潜入伊娃的房间偷了一瓶魔药，然后潜入厨房，将其放入皇家防止虐待动物协会特别聚会的汤中。卢克和赫尔加试图将布鲁诺带到他的父母身边，但他们不相信她的故事，并且被老鼠吓坏了。

詹金斯先生点了汤，但赫尔加阻止他喝。当布鲁诺开口说话时，詹金斯夫妇终于意识到他是一只老鼠。当女巫们进入宴会时，伊娃长期受苦受虐待的助手苏珊·欧文小姐因被禁止参加庆祝活动而辞职。该配方将所有女巫变成老鼠，工作人员和酒店客人一起杀死它们，不知不觉中消除了英格兰的女巫。在混乱中，赫尔加发现了变形后的伊娃，并将她困在水壶下，然后帮助将她指给斯金格先生，斯金格先生用切肉刀将她切成两半。然后她把布鲁诺送回了他困惑的父母身边。卢克和赫尔加回到家，伊娃的箱子里装满了钱和美国所有女巫的通讯录，允许他们计划一项消灭美国所有女巫的行动。那天晚上，欧文小姐，现在是一个好女巫（在伊娃死后改过自新），开车到卢克和赫尔加的家，把卢克变回人类形态，还有他的宠物老鼠和眼镜。她离开去拜访布鲁诺，卢克和赫尔加挥手告别。