一起神秘的死亡时间吸引了古生物学家凯丽（布里吉特·芳达 Bridget Fonda 饰）的注意，为了了解事件的真相，凯丽千里迢迢的赶到了案发地——一个古老的湖泊，而之后发生的事情更让凯丽确信，在这平静的湖面下，隐藏了什么可怕的东西。凯丽的猜测在小镇上引起了轰动，有些人信以为真，另一些人则不以为然。就在舆论的热度到达最顶峰之时，一个游客被不明物体拖入湖中的惨剧让所有人都意识到，事情严重了。　　凯丽和管理员杰克（比尔·普尔曼 Bill Pullman 饰），警长汉克（布莱丹·格里森 Brendan Gleeson 饰）等人围绕着古湖展开了调查，令人震惊的是，在湖底，他们发现了一只异常凶猛巨大的史前巨鳄。

在缅因州阿鲁斯托克县，渔业和狩猎官员沃尔特·劳森 (Walt Lawson)在黑湖潜水时突然遭到不明生物袭击并被咬成两半。

第二天，警长汉克·基奥、渔猎官员杰克·威尔斯和美国自然历史博物馆古 生物学家凯利·斯科特前往湖边调查这一事件，神话学教授兼鳄鱼爱好者赫克托·西尔也加入其中。凯利和汉克的独木舟翻转后，他们发现了一个被切断的人类脚趾和一个驼鹿头。与此同时，当威尔斯和西尔潜水时，汉克的副手伯克的船遭到袭击，他的头被咬掉了。

第二天，正如汉克和赫克托所说，一只巨大的美国黑熊到达了，但一条 30 英尺（9.1 m）长的巨大咸水鳄鱼从水中跃出，用嘴咬住了这只动物，并将其拖入湖中。找到伯克的断头后，杰克、凯利和汉克目睹了住在湖边的年长隐士德洛丽丝·比克曼正在用蒙着眼睛的奶牛喂巨型鳄鱼。她透露，两年前，鳄鱼跟随她的丈夫伯尼回家，并最终在鳄鱼和一匹脱逃的马之间杀死了他，之后她多年来一直在喂养这只爬行动物。随后，她因最初向警方撒谎而被软禁。

赫克托决定带着副警长莎伦·盖尔乘坐直升机去旅行，却意外地将直升机降落在鳄鱼的领地里。当他进行水肺潜水时，他遇到了这个生物，但他和盖尔用充气筏分散了它的注意力后逃脱了。后来，杰克和汉克计划让佛罗里达渔猎公司在他们到达时杀死鳄鱼，但赫克托建议他应该将它引出水面并使其昏迷不醒。杰克不情愿地接受了这个提议，他们用挂在直升机上的比克曼的一头牛作为诱饵。

几个小时后，鳄鱼出现了。当鳄鱼扑向猎物时，赫克托拉了起来，杰克向鳄鱼的脖子发射了一支镇静剂。赫克托失去了对直升机的控制并坠入湖中。鳄鱼登上陆地并开始追赶杰克、凯利和他们。凯莉被鳄鱼尾巴撞到湖里，但她及时登上了直升机。鳄鱼追上凯利并准备采取行动，但被困在直升机中。随着镇静剂的作用，鳄鱼似乎平静下来，杰克、赫克托和汉克争论是否要杀死它。杰克最终抢走了汉克的枪并开枪射击，但该枪原来是另一支镇静剂步枪。当赫克托从水中出来时，另一只鳄鱼袭击并咬了他，但汉克用他的榴弹发射器将其炸毁。不久之后，佛罗里达州渔业和狩猎官员到达，他们将被压制的鳄鱼装上卡车，然后将其运往缅因州波特兰，以弄清楚如何处理它。

一周后，比克曼给许多小鳄鱼喂面包屑，这表明这两只成年鳄鱼实际上是一对交配。后来人们看到这只幸存的成年鳄鱼被绑在一辆平板拖车的后面，在某处的道路上飞驰。