《上帝未死》讲述的是一位名叫乔什·惠顿的年轻人捍卫其对上帝的信仰的故事。乔什是一名大一新生，他的教授告诉学生们“上帝死了”，并要求学生们签署一份关于“上帝死了”的声明才能及格。而乔什拒绝签这份声明，并不得不接受证明“神活着”的挑战。

2013 年秋天，大学生兼福音派基督徒乔什·惠顿 (Josh Wheaton) 报名参加了由无神论者杰弗里·雷迪森 (Jeffrey Radisson) 教授教授的哲学课程。雷迪森要求他的学生签署一份“上帝死了”的宣言才能通过。乔希是唯一拒绝的学生。雷迪森要求乔什与他辩论这个话题，但同意让他的其他学生决定获胜者。

在前两场辩论中，雷迪森对乔什的所有观点都提出了反驳。乔什的女朋友卡拉要求乔什要么签署声明，要么放弃雷迪森的课程，因为对抗雷迪森会危及他们的学业前途。当乔什拒绝时，卡拉与他分手。

在最后的辩论中，乔什停止了辩论，问雷迪森：“你为什么恨上帝？” 雷迪森勃然大怒，证实他因母亲的死而憎恨上帝。乔什问雷迪森他怎么能讨厌一个不存在的人。马丁是一名中国学生，他的父亲禁止他谈论上帝，以免危及弟弟出国留学的机会。马丁站起来说：“上帝没有死。” 班里的大多数人都跟随马丁的脚步，拉迪森失败地离开了房间。

雷迪森与福音派人士米娜约会，他在无神论同事面前贬低她。她的兄弟马克是一位成功的商人和无神论者，他拒绝探望患有痴呆症的母亲。马克的女友艾米是一位左翼博主，撰写批评鸭子王朝的文章。当艾米被诊断出患有癌症时，马克抛弃了她。一名穆斯林学生阿伊莎秘密皈依基督教，她的父亲发现后，愤怒地与他断绝了关系。

乔什邀请马丁参加报童乐队的音乐会。雷迪森读到了已故母亲的一封信，深受感动，决定与米娜和解。艾米在更衣室里与报童们对峙，但请求他们帮助引导她皈依基督教。雷迪森在寻找米娜的途中被车撞倒，身受重伤。一位在十字路口等待的牧师照顾雷迪森，并在他去世时帮助他。马克最后拜访了他的母亲，但嘲笑她的信仰。她回答说，他的经济成功是撒旦给他的，目的是阻止他转向上帝，然后她不记得他的名字了。在音乐会上，报童乐队播放了威利·罗伯逊的视频片段祝贺乔什勇敢地面对雷迪森，并鼓励观众发短信“上帝没有死”作为向其他人传达的信息。报童们开始演奏他们的歌曲“ God's Not Dead ”，献给乔什。